Duy thức tông phát triển mạnh nhất trong thế kỉ thứ 6 Công nguyên. Một trong những trung tâm quan trọng của Duy thức tông là Đại học Na-lan-đà (sa. nālandā) ở Bắc Ấn Độ. Nơi đó, Hộ pháp đã chủ trương một quan điểm duy thức tuyệt đối. Song song với Na-lan-đà cũng có một trung tâm khác không kém quan trọng tại Valabhi (valabhī), được một Đại luận sư khác của Duy thức tông là Đức Huệ (sa. guṇamati) sáng lập. Đại diện xuất sắc nhất của trường phái Duy thức này là An Huệ (sa. sthiramati), một môn đệ của Đức Huệ. Khác với Hộ pháp, An Huệ có cái nhìn tương đối hơn về duy thức, bắt cầu nối giữa quan điểm "Thật tướng" của Long Thụ (sa. nāgārjuna) và quan niệm "Nhất thiết duy tâm tạo." Sư dung hoà triết lý của Duy thức tông và tư tưởng thật tính của Trung quán tông. Trần-na (sa. dignāga) và Pháp Xứng (sa. dharmakīrti) kết hợp quan điểm Duy thức và Kinh lượng bộ (sa. sautrāntika) để sinh ra một nhánh của Duy thức là Nhân minh học (zh. 因明學, sa. hetuvidyā), cách tranh luận bằng logic.

Duy thức tông bị Trung quán tông phản bác mãnh liệt. Họ cho rằng Duy thức tông đã đưa vai trò của Thức lên quá cao, cho nó một tính chất trường tồn, đứng sau mọi hiện tượng (xem thêm Pháp tướng tông).